История ниндзя очень древняя и сокрыта в глубине веков. Сказать точно где, кем и когда было создано ниндзюцу практически невозможно. Существует множество теорий и историй в которых речь идет о преданиях корейских и китайских иммигрантов, даосов, адептов сюгендо (сюгендзя), буддийских монахов и др. вся эта информация настолько запутана, что неясно где правда, а где ложь.
Образ воина в черном, популяризованный кинематографом, в японской истории появился не давно и воодушевил не одного человека. Впервые данный образ возник во второй половине 16 века в книжках с иллюстрациями. С ниндзя связано множество легенд о его невидимости и волшебной силе, что привело к появлению образа сверхчеловека, но на самом деле все это далеко от истины.
Работа Буё Бэнряку - Киносита Гисюн составленная в 1684 году, впервые описывает термин «ниндзя» и род их деятельности: «Ниндзя были людьми, способными спрятаться как дома, так и в других провинциях. Некоторые из них владели техникой, позволяющей тайно проникнуть в любое охраняемое место…».
Изучив факты истории ниндзя, отраженные в японских хрониках, можно заметить что ниндзя, в разные периоды времени называли по разному:
Кантё и Кансаи, что в переводе означает «шпионаж»;
Во времена правления принца Сётоку Тайси (574-622) их называли Синоби;
Во время правления императора Тэнму (673-686) их называли Соккан;
Местами происхождения ниндзюцу и ниндзя по праву считаются провинции Кога и Ига. Благодаря сложному географическому положению, горной местности в них отсутствовал контроль со стороны соседних провинций. Горные районы Кога и Ига благодаря своей недоступности являлись прекрасным местом для тех кто стремился избежать властей. Многочисленный приток иммигрантов из Кореи и Китая в 6-7 веках заселившихся именно в этих районах, принесли в японскую культуру новые течения в религии и эзотерические учения.
В хрониках можно встретить такие названия: Кога но моно (люди из Кога) и Ига но моно (люди из Ига) или Кога сю и Ига сю, что означает отряды (группы) из Кога и Ига.
В периода Камакура (1185-1333), с формированием сословия воинов и занятия ими вершин власти, появляется необходимость в воинах с нетрадиционными способами ведения войны. Кого мы сейчас называем ниндзя использовались в войнах за их способы и методы которые были не известны классу воинов. Они могли решить исход любой битвы в ту или иную сторону.
В период Муромати (1392-1475) ниндзя называли - кагимоно хики (тот кто появляется из тени).
Период Сэнгоку (1477-1603), время беспорядочных войн, когда воевали все со всеми. В этот период спрос на услуги людей невидимок был невероятно высок, многие князья прибегали к их услугам. Это наиболее бурный период в истории ниндзя.
Развитие ниндзюцу было медленным, но уверенным и с формированием класса воинов стало ключевым элементом для победы или обладания информацией. В каждой битве, для восстановления баланса, в тени действовал ниндзя или группа ниндзя.
Битва Сэкигахара (1600) последняя битва с участием воинов тени.